야가미 라이토는 경시청에 근무하는 아버지 소이치로, 여동생 사유와 사는 평범한 대학생.
아마네 미사가 소속하는 그룹의 라이브에 갈 때를 제외하고는 학업과 아르바이트에 몰두한다.
어느 날 그의 앞에 고교시절 교도소에 간 동급생 사코 타가 나타나서 친구인 카모 타를 공갈한다. 라이토는 사코 타를 막으려고 하지만 역으로 휴대폰을 다루어진다. 돌아가는 길에 하늘에서 한 권의 노트가 흩날려 오는 데 그 노트의 이름은 데스노트 이름을 쓴 인간은 죽는다는 설명을 읽은 라이토는 장난으로 데스노트에 사코 타의 이름을 쓴다. 다음 날, 사코 타가 죽었다는 소식이..!
그런 때, 소이치로가 10년 전에 체포한 범인이 경찰에서 총을 뺐어 민가에서 농성 중, 소이치로가 인질이 되 버린다. 라이토가 데스노트로 범인의 이름을 써 아버지를 살리지만 죄책감에 시달리다 노트의 주인, 류크가 나타난다.
한 달 후 라이토는 키라라는 영웅이 되었다. 상황을 본 명탐정 L은 일본 방문으로 소이치로 등과 협력하며 수사에 참여한다.
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