고도의 보안이 유지되는 의료 시설에서 깨어난 존 바틱은 자신이 어떻게 이곳에 오게 되었는지 전혀 기억하지 못합니다. 그러나 플레이 가능한 일련의 회상을 통해 시베리아 군사 작전의 민간 자문관으로 활동하던 시절의 기억이 서서히 되살아납니다. 과거 그는 윈터아이스(WinterICE)로 알려진 군인 집단과 함께 초능력 연구를 진행해 온 노학자를 추적하던 중이였습니다. 현재, 존은 자신의 기억을 재구성하고 윈터아이스 멤버들을 찾아내어 자신의 누명을 벗고, 진실을 규명하며, 자신이 어떻게 초능력을 갖게 되었는지 밝혀내려 합니다.
세컨드 사이트는 스텔스 요소가 가미된 3D 슈팅 게임입니다. 플레이어는 주로 3인칭 시점에서 존을 조종하지만, 특정 상황에서는 1인칭 시점으로 전환할 수 있습니다. 게임 진행 중 플레이어는 염력, 치유, 매혹, 투사, 점령 능력과 두 종류의 초능력 공격, 그리고 다양한 무기를 사용할 수 있습니다. 대부분의 상황은 스텔스, 무분별한 폭력, 초능력, 혹은 이 세 가지의 조합으로 해결할 수 있습니다.